La misión del Instituto es contribuir y fortalecer los estudios sobre la interculturalidad en territorios en conflictos desde una disciplina en particular: la Historia. A través de su trabajo espera corregir las relaciones asimétricas que existen en la Región de La Araucanía entre los distintos grupos sociales que la componen: el Pueblo Mapuche, la población chilena no mapuche y los descendientes de los migrantes europeos que llegaron desde mediados del siglo XIX en adelante. De este modo, aspira a colaborar desde sus investigaciones y actividades con la comunidad regional, en la búsqueda de acuerdos que permitan avanzar en la solución de los conflictos y la violencia que se aprecia en las últimas décadas.

• Avanzar en la investigación de los temas que le competen, principalmente en los asociados a las relaciones interculturales en la IX Región.
• Difundir la investigación a través de publicaciones científicas, pero también divulgándola para la comunidad.
• Fortalecer la formación de los estudiantes que acuden a las aulas.
• Ampliar las relaciones nacionales e internacionales para enriquecer los conocimientos que se requieren en tiempos en el cual estas colaboraciones son fundamentales.